| 1474-1500 | Abteikirche des reichsunmittelbaren Benediktinerstifts wurde erbaut. Der Hauptbaumeister war von 1477 bis 1512 Burkhard Engelberg aus Augsburg. |
| um 1500 | Die überlebensgrosse Muttergottesfigur wurde von Gregor Erhart geschaffen. |
| 1500-1537 | Schleppender Weiterbau der spätgotischen Basilika |
| 1514 | Hans König tritt die Nachfolge von Burkhard Engelberg als Baumeister an |
| 1537 | Das Altargemälde und das Antependiumbild mit Szenen aus dem Leben des Heiligen Simpert wurde von Christoph Thomas Scheffler geschaffen. Die Kirche wurde beim Bildersturm beschädigt und der Weiterbau kommt völlig zum Erliegen. |
| 1583 | Oktavian Sekundus Fugger baut die Benediktuskapelle zur Grabkapelle um |
| 1584 | Der neue Flügelaltar in der von Markus Fugger umgestalteten Andreaskapelle wird errichtet mit Gemälden von Christoph Schwarz. |
| 1590 | Die Altarfiguren Petrus und Paulus in der Benediktuskapelle wurden von Christoph Musmann geschaffen. Das Altarbild der Benediktuskapelle Benediktus und Franziskus wurde von Peter Candid geschaffen. |
| 1594 | Der nördliche Turm wurde mit einer Kuppel gekrönt. St. Ulrich und Afra besitzt mit 93 Metern den höchsten Kirchturm Augsburgs. |
| 1601 | Über der Sakristei wird die Muttergotteskapelle von Konrad Stoß erbaut. |
| 1603/04 | Der Chorbau wurde vollendet. |
| 1604 | Der siebenstufige Hochaltar am Ende des Chores wurde errichtet. |
| 1605 | Die monumentale Bronzegruppe im Mittelschiff, Christus am Kreuz, zu seinen Füßen Maria Magdalena, seitlich Maria und der Apostel Johannes wurde modelliert von Hans Reichle und gegossen von Wolfgang Neidhart. |
| 26.8.1607 | Weihe des neuen Hochaltares |
| 1607 | Die große Orgel wird eingebaut. Die Bilder auf den beiden Flügeln wurden von Matthias Kager geschaffen. |
| 1608 | Das Gemälde Verkündigung wurde von Hans Pottenhammer geschaffen. |
| 1609 | Das Gemälde Anbetung der Könige wurde von Matthias Kager geschaffen. |
| 1612 | Das Steindenkmal des Abtes Johannes Merk (+ 1632) hinter dem Hochaltar wurde von Hans Reichle geschaffen. Die Ausstattung der Kirche war vollendet. |
| 1698 | An der Sakristei wurde die Allerheiligenkapelle von Georg Paulus angebaut. |
| 1712 | Zum Benediktinerjubiläum wurde die Ausstattung der Kirche vermehrt. Die Beichtstühle wurden von Ehrgott Bernhard Bendel geschaffen. |
| 1762 | Umgestaltung der Basilika im Stile des Rokoko in ihrer heutigen Gestalt. |
| 1763 | Am Mittelschiffpfeiler des vierten Jochs wurde das Maria-Hilf-Bild mit Stuckmarmorrahmung von Franz Xaver und Johann Michael Feichtmeier geschaffen. |
| 1802 | Das Kloster wurde aufgehoben und der Besitz vom bayerischen Staat enteignet. Die Kirche St.Ulrich und Afra wurde Stadtpfarrkirche. |
| 1873 | Innenrestaurierung der Basilika |
| 1944/45 | Schwere Schäden durch Bombenangriffe im Zweiten Weltkrieg. |
| 1946-1950 | Wiederaufbau und Renovierung der Basilika |
| 1962 | Die neue Unterkirche entstand mit den Grufträumen der Heiligen Ulrich und Afra |
| 1982 | Erneuerung der großen Hauptorgel auf der Westempore durch die Firma Orgelbau Sandtner, Dillingen/Donau |
| 1987-1989 | Umfassende Innenrenovierung der Basilika |
| 1998 | Erweiterung der großen Hauptorgel durch die Firma Orgelbau Sandtner, Dillingen/Donau |
| 2002 | Weihe unserer neuen Glocken - erstes feierliches Läuten in der Osternacht 2002 |
| 7.2.2004 | Einweihung des Magnificat-Fensters von Prof. Johannes Schreiter |
| 23.4.2004 | Eröffnung der Heiltumskammer im Afra-Jubiläumsjahr |